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造成近期缺蛋之原因眾多，依據中華民國養雞協會提供之資料顯示其原因包括:1.水災造成嘉南區蛋中雞及蛋雞災情損失致供應減少，2.為避免芬普尼事件重演，蛋農不敢亂用藥進行蚊、蠅、雞蝨防治致產蛋下降，3.中南部冬季早晚溫差達10度以上，造成傳統蛋雞舍之蛋雞群緊迫，影響產蛋效能，4.液蛋的需求。
有關媒體報導疫苗出問題，導致大量雞隻暴斃，今查馬立克疫苗宣稱有問題是在前(106)年10月後，迄雞隻能產蛋可能造成缺蛋的時期應是107年3-4月間，但缺蛋是在107年8月後。又查近2年之蛋雞入雛量、飼養量、化製量以及疫苗檢定量並無差異，另為加強禽流感預警機制，於禽流感好發期間，防檢局針對風險較高之鴨隻、土雞與蛋雞之主動監測方式及增加監測場數，其中蛋雞場年度監測場數提高為2倍達360場，約占全國蛋雞場之20%，而108年迄今蛋雞場禽流感案例數為4例，也並未接獲動物防疫機關通報雞隻罹患馬立克病。
農委會說明，農曆年前雞蛋因產地生產不順利，供應有短缺之情形，惟經該會持續輔導產地雞農加速新母雞投入生產，本(108)年1月已有175萬隻新母雞投入生產，較去年同期138萬隻新母雞，增加了37萬隻，為近年來最高數量，目前產地新母雞已持續投入生產，預計3月中旬以後產銷可逐步回穩，至3月底以後整體產銷將可維持穩定。
